纳税人购置工程车辆，取得的增值税专用发票不能抵扣进项税额。根据《国家税务总局关于推行机动车销售统一发票税控系统有关工作的紧急通知》（国税发〔2008〕117号）规定：
1.自2009年1月1日起，增值税一般纳税人从事机动车（应征消费税的机动车和旧机动车除外）零售业务必须使用税控系统开具机动车销售统一发票。
2.使用税控系统开具机动车销售统一发票的企业（以下称机动车零售企业），应购买税务总局验证通过的税控盘，经税务机关初始化后安装使用。
3.自2009年1月1日起，增值税一般纳税人购买机动车取得的税控系统开具的机动车销售统一发票，属于扣税范围的，应自该发票开具之日起90日内到税务机关认证。值得注意的是，《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号），决定自2010年1月1日起，调整增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天延长至180天。认证通过的可将增值税专用发票作为增值税进项税额的扣税凭证。