2008年度企业所得税汇算清缴与以往年度的不同之处主要表现在三个方面。
1.汇算清缴报表填列的政策依据不同。从2008年开始，企业所得税汇算清缴要以新《企业所得税法》及《企业所得税法实施条例》，以及新法颁布实施后陆续下发的相关法规、文件为依据。
2.汇算清缴报表的内容及格式与往年的差异较大。由于新旧企业所得税法内容改变很大，因而汇算清缴报表的内容和格式与往年差异较大。例如，2008年度的企业所得税年度申报及汇算清缴增加了关联申报的内容，企业应当就其与关联方之间的业务往来，附送年度关联业务往来报告表。此外，新法把企业分为居民企业和非居民企业，税务机关对居民企业和非居民企业分别进行汇算清缴。
3.汇算清缴期有所改变，以前内资企业所得税汇算清缴期限为次年4月30日前，涉外企业所得税汇算清缴期限为次年5月31日前。从今年起，内外资企业所得税汇算清缴期限统一截至5月31日。